Molecular Publications - Revision history

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2011-07-21T14:12:21Z

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 =(Molecular) Publications=
-Mit diesem Tool können Sie Ihren DNA-Proben bzw. Amplifikationen und Sequenzen Publikationen zuordnen. Damit ist NICHT die Veröffentlichung der Sequenz in z.B. ncbi.org gemeint!
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2011-03-30T11:47:19Z

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=(Molecular) Publications=
Mit diesem Tool können Sie Ihren DNA-Proben bzw. Amplifikationen und Sequenzen Publikationen zuordnen. Damit ist NICHT die Veröffentlichung der Sequenz in z.B. ncbi.org gemeint!
Dieses Tool soll keine vollständige Literaturverwaltung ersetzen. Sie können jedoch recht strukturiert die Publikationen erfassen und anschließend verwalten. Schlagworte können nicht vergeben werden.
==Add new publication==
Neue Publikation eintragen:
Sie können sowohl normale Paper eintragen, die in einem Journal erschienen sind, als auch solche, die Teil eines Buches sind.
Die Autoren werden gemeinsam in ein Feld eingetragen, mit Semikolon getrennt, so wie in dem Beispiel angegeben. Wenn es sich bei dem/den Autoren um die Herausgeber handelt, markieren Sie bitte die entsprechende Checkbox.
Das Journal können Sie aus einer Liste auswählen. In dieser Liste erscheinen nur die Abkürzungen der Journale. Sollte das gesuchte Journal nicht dabei sein, können Sie es neu erfassen, indem Sie auf "new" klicken. Es öffnet sich wiederum ein neues Fenster, mit der Möglichkeit, ein neues Journal einzutragen.
Des weiteren können Sie den Band, die Ausgabe (bzw. das Kapitel) sowie die Seiten eintragen. Dabei sollten Sie Sonderzeichen, wie z.B. ":" oder "." vermeiden! Es genügt bei Volume (Issue) z.B. die Angabe 11 (8) und bei Pages 34-54
Beim Speichern werden diese Zeichen automatisch ergänzt.
Sollte es sich um eine Publikation handeln, die Teil eines Buches ist, können Sie den vollständigen Buchtitel mit Autoren, Jahr etc. in das Feld "Book: IN:" eintragen. In diesem Fall können Sie auch noch den Verlag des Buches eintragen, bei Journalen ist das bislang nicht vorgesehen.
Wenn die Publikation online verfügbar ist, können Sie auch den Link dazu angeben.

Neues Journal eintragen:
Um ein neues Journal einzutragen, müssen zwei Felder ausgefüllt sein. Zum einen der volle Name des Journals, zum anderen dessen Abkürzung. Mitunter ist es hilfreich, nochmal nach dem Namen des Journals zu suchen, um sicher zu stellen, dass es wirklich noch nicht erfasst wurde. Die Suche erfolgt in "Abbreviation" und "Full name"! Dazu tragen Sie einen Teil der Journal-Bezeichung in das Feld "Search for Journal (free text)" ein und klicken auf Search.
Es erscheint eine Tabelle mit den Detailangaben zum Suchbegriff. Sollte das gesuchte Journal nicht gefunden worden sein, tragen Sie es neu ein und klicken auf "Seave New Journal". Danach schließen Sie das Formular und laden die Seite "Add new publication" neu, damit die Journal-Liste sich aktualisieren kann.

Um die Publikation nun mit einer DNA-Probe bzw. Amplifikation/Sequenz zu verknüpfen, benutzen Sie bitte dieses Formular. Die Dokumentation dazu finden Sie hier.

==Verwaltung der Publikationen==
Dieses Formular dient dazu, Publikationen zu bestimmten DNA-Proben/Sequenzen zu verwalten.
Sie können sowohl nach einer Publikation, als auch nach einer bestimmten DNA-Nummer oder Gen Bank Accession Number suchen. Als Alternative können Sie sich aller gespeicherten Datensätze anzeigen lassen, indem Sie "or show all datasets" markieren und auf "Search" klicken.
Zu beachten ist allerdings, dass die Anfrage nur nach Verbindungen zwischen Publikation und Amplifikation sucht, d.h. es wird keine Publikation gefunden, die keiner Amplifikation zugeordnet ist und umgekehrt!

Nachdem Sie auf "Search" geklickt haben, erscheint eine Liste mit den Ergebnissen. Sie haben die Möglichkeit, die Datensätze zu löschen.
Dazu markieren Sie einfach die fehlerhaften Datensätze und klicken auf "Delete selected datasets". Es erscheint nochmal eine Warnung, bevor die Datensätze endgültig gelöscht werden. Es wird hier keine Sicherungskopie erstellt. Wenn Sie hier Datensätze löschen sind Sie unwiderrufbar gelöscht.

Eine Editierfunktion ist nicht vorgesehen, da hier nur die Verbindung zwischen Publikation und Amplifikation gespeichert wird, nicht die Publikation und Amplifikation an sich.
Um die Publikationen an sich zu verwalten, benutzen Sie bitte dieses Formular. Die Dokumentation dazu finden Sie hier.

==Publikationen mit DNA-Proben/Sequenzen verknüpfen:==
Dieses Formular dient dazu, Publikationen zu bestimmten DNA-Proben bzw. Amplifikationen/Sequenzen zu erfassen.

Als erstes können Sie überprüfen, ob die Publikation schon in der Datenbank steht, indem Sie einen Teil des Paper-Titels bei "Search for Title" eingeben und auf "Search" klicken. Alternativ dazu können Sie sich auch alle erfassten Publikationen anzeigen lassen, indem Sie die Checkbox markieren.
Wenn Sie sich sicher sind, dass der Artikel schon erfasst wurde, können Sie auch sofort die gewünschten DNA-Nummern oder die GenBankAccessionNumber (sofern bekannt) mit eingeben und mit einem Klick auf "Search" nach beiden Angaben suchen.
Wenn die gesuchte Publikation nicht gefunden wurde, folgen Sie bitte dem Link "add new publication". Es öffnet sich ein neues Fenster, mit der Möglichkeit, eine neue Publikation einzutragen. Hier finden Sie die ensprechende Dokumentation dazu.

Verbindung zu DNA-Nummern/Sequenzen herstellen:
Wenn Sie sowohl bei "Search for Title" als auch bei "and DNA Extraction Number" bzw. "GenBankAccessionNumber" etwas eingegeben haben, erscheint für beide eine Liste.
Sie können nun eine Publikation auswählen und dazu die gewünschten DNA-Nummern. Hierbei ist zu beachten, dass nur die Amplifikationen angegeben werden! Das heißt, wenn sie für die DNA-Nummer kein Ergebnis bekommen, kann es sein, dass möglicherweise zwar die DNA-Nummer schon in der Datenbank existiert, jedoch noch keine Amplifikationen für diese DNA-Nummern eingetragen wurden.
Anschließend klicken Sie auf "Save". Es wird nun für jede markierte Amplifikation geprüft, ob die zu speichernde Verbindung zur Publikation schon in der Datenbank existiert. Wenn ja, erhalten Sie eine Fehlermeldung, wenn nein wird der Datensatz gespeichert.

===TO DO===
*Autoren werden verdoppelt beim Speichern!
*select/deselect all ermöglichen

==Publikationen verwalten, die bereits verknüpft sind:==
Dieses Formular dient dazu, Publikationen zu bestimmten DNA-Proben/Sequenzen zu verwalten.
Sie können sowohl nach einer Publikation, als auch nach einer bestimmten DNA-Nummer oder Gen Bank Accession Number suchen. Als Alternative können Sie sich aller gespeicherten Datensätze anzeigen lassen, indem Sie "or show all datasets" markieren und auf "Search" klicken.
Zu beachten ist allerdings, dass die Anfrage nur nach Verbindungen zwischen Publikation und Amplifikation sucht, d.h. es wird keine Publikation gefunden, die keiner Amplifikation zugeordnet ist und umgekehrt!

Nachdem Sie auf "Search" geklickt haben, erscheint eine Liste mit den Ergebnissen. Sie haben die Möglichkeit, die Datensätze zu löschen.
Dazu markieren Sie einfach die fehlerhaften Datensätze und klicken auf "Delete selected datasets". Es erscheint nochmal eine Warnung, bevor die Datensätze endgültig gelöscht werden. Es wird hier keine Sicherungskopie erstellt. Wenn Sie hier Datensätze löschen sind Sie unwiderrufbar gelöscht.

Eine Editierfunktion ist nicht vorgesehen, da hier nur die Verbindung zwischen Publikation und Amplifikation gespeichert wird, nicht die Publikation und Amplifikation an sich.
Um die Publikationen an sich zu verwalten, benutzen Sie bitte dieses Formular. Die Dokumentation dazu finden Sie hier.

[[Category:DNA_Module]]